前中央研究院院長李遠哲在法國巴黎發表公開信，呼籲陳水扁總統與執政黨，必須在「小我」與「大我」、「政黨」與「國家」之間，做出正確抉擇。他更建議，陳總統有必要慎重考慮去留的問題。 對於發表公開信，李遠哲在住宿的飯店接受台灣媒體訪問時表示，「到此為止，我很累了！」至於陳總統接受建議與否，李遠哲表示，「我不多說」，他並援引自己過去的經驗指出，「每次我講的話到第二天都會變質，所以我不講！」 李遠哲在法國語重心長地表示，很多人都希望世界和平，而以色列和巴勒斯坦的問題，大家都擔心會引發世界大戰，科學界的人一直在努力，希望兩國有些更深入的交往，避免不好的狀況。 李遠哲說，他在信裡頭講得很清楚了，所有的話也到此為止，至於台北市長馬英九對於公開信的回應，李遠哲則是表情相當尷尬表示，「他怎麼解釋是他的事，我不曉得，不要再說了！」 李遠哲公開信原文如下： 我目前身在巴黎，參加由『以色列─巴勒斯坦科學組織』召開的國際科學委員會議。這個會議讓我有機會重溫以色列與巴勒斯坦的苦難歷史，心中因此深有感懷。 以色列與巴勒斯坦是兩個充滿悲情但有著偉大歷史的民族，數十年來，這兩個民族雖深陷艱困的環境，卻從不放棄追尋自己的理想，並各自做出驚人的犧牲，也犯過嚴重的錯誤，只不過他們肯在錯誤中不斷反省、悔過，然後重新出發，攀向更高遠的理想。 以色列人與巴勒斯坦人的命運是無法分割的，彼此共同編織出一部充滿血淚的偉大史詩。 以色列人與巴勒斯坦人的歷史，自小就一再觸動我的心靈深處，使我不時想到我摯愛的台灣。台灣既不是以色列，也不是巴勒斯坦，但台灣同樣有過自己的苦難歷史，遭遇過艱困的環境，也從不放棄追尋自己的理想，並為此做出驚人的犧牲，而在追尋理想的過程中也曾不慎失足，犯過嚴重的錯誤。