依修正後「臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條及第25條之1」規定，大陸地區人民、法人、團體或其他機構有臺灣地區來源所得，其中法人、團體或其他機構除獲配之股利淨額或盈餘淨額，係採就源扣繳免辦理結算申報外，視大陸地區法人或團體在臺灣地區有無固定營業場所或營業代理人等情況，分別適用現行所得稅法之課稅規定；至大陸地區人民則視其於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計是否滿183日，分別適用所得稅法之課稅規定。相關之扣繳規定分列如下：（一） 大陸地區人民於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計滿183天者及大陸地區法人、團體或其他機構在臺灣地區有固定營業場所者，取得臺灣地區來源所得，適用臺灣地區居住之個人及在臺灣地區有固定營業場所之營利事業所適用之扣繳率。（二） 大陸地區人民於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計未滿183天者及大陸地區法人、團體或其他機構在臺灣地區無固定營業場所者，取得臺灣地區來源所得，除股利或盈餘應依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條之1規定，按給付額或應分配額扣繳20%，不適用所得稅法結算申報者外，適用非中華民國境內居住之個人及在中華民國境內無固定營業場所之營利事業所適用之扣繳率。（三） 所得稅法第3條之2第1項至第3項規定委託人為營利事業之信託契約之受益人，如屬在臺灣地區無固定營業場所之大陸地區法人、團體、其他機構，或一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計未滿183天之大陸地區人民，其享有信託利益之權利價值或權利價值增加部分，分別適用20%扣繳率或按20%扣繳率申報納稅。（四） 在臺灣地區無固定營業場所之大陸地區法人、團體或其他機構，如有財產交易所得，及一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計未滿183天之大陸地區人民，如有財產交易所得、自力耕作、漁、牧、林礦所得或其他所得，分別適用在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之營利事業及非中華民國境內居住之個人適用之稅率申報納稅。（五） 大陸地區人民於一課稅年度內在臺灣地區居留、停留合計滿183天者，取得臺灣地區來源所得，每次應扣繳稅額不超過新臺幣2,000元者，適用臺灣地區居住個人之免扣繳規定。

（92.10.29修正公布「臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條、第25之1」，自93.3.1施行）

（93.2.28修正發布「各類所得扣繳率標準」，自93.3.1自生效）